Что такое пустой на две трети вагон метро

В данном контексте повествователь имеет в виду, что фраза "две трети пустой вагон" подразумевает, что никто в вагоне не стоял, из стандартных 42 сидячих мест было занято примерно 10-15.

Пассажиры, пользовавшиеся московским метро после 21-00 знают, что примерно половина пассажиров, выехавших от Театральной, покидают вагон на пересадках: Третьяковской и Павелецкой. До Автозаводской доезжает примерно треть.

Пассажирские сиденья в вагонах серии 81 расположены продольно спинками к стенам вагона по бокам от центрального прохода. В базовом исполнении перегородки между сидячими местами отсутствуют. Сиденья в пространстве между дверями вмещают 6 человек, в торцевой части вагонов — 3. Всего головные вагоны 81-717 имеют 42 сидячих места, а промежуточные 81-714 — 4.

Повествователь ехал в головном вагоне.